银行申请的POS机和第三方支付公司办理POS机在几个主要方面存在区别：
1.服务主体不同：
银行POS：由银行直接发放和管理，是直连银行卡结算系统的正规渠道，具有较高的信誉和安全性。
第三方POS：是由第三方支付公司提供的服务，这些公司一般通过与银行合作，获取处理支付交易的资质。
2.费率结构：
银行POS：费率相对固定，通常低于第三方POS机。因为银行自身具有信贷和结算功能，能够吸收一部分成本。
第三方POS：费率可能更高，但它们可能提供更多优惠活动或返佣计划以吸引商户使用。
3.功能与服务：
银行POS：功能较为基础，主要提供刷卡消费、账户管理等服务。
第三方POS：可能提供更多创新和附加服务，如多种支付方式接入（二维码支付、手机NFC支付等）、快速结算、精准营销工具等。
4.办理流程：
银行POS：办理流程可能更加严格和正规，需要经过较为复杂的审批过程。
第三方POS：办理流程较为灵活和简便，审核时间可能更短。
5.安全性与监管：
银行POS：受到严格的银行监管，安全性相对较高。
第三方POS：虽然也受到支付行业规范的监管，但是相对来说可能存在更大的安全风险，尤其是一些小型或不太知名的支付公司。
6.商户支持和服务：
银行POS：商户支持可能更加正规，服务体系成熟。
第三方POS：可能更加注重客户服务，提供个性化的解决方案和快速响应。
选择银行办理POS机还是第三方办理，商户应根据自己的业务需求、费率承受力、对服务质量的要求，以及对安全性和稳定性的重视程度来决定。同时，还需要考虑服务提供方的信誉、市场口碑和后期服务支持等因素。
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